Podczas gdy większość zadowolonych użytkowników soczewek kontaktowych zwraca uwagę na zalety soczewek kontaktowych oraz wygodę ich użytkowania, warto wspomnieć, że soczewki kontaktowe nie są pozbawione wad. Do niektórych z nich można się przyzwyczaić, inne wymagają akceptacji, w niektórych zaś przypadkach, wady soczewek kontaktowych, przysłaniają pacjentom korzyści wynikające z ich noszenia. Pierwszą i podstawową wadą soczewek kontaktowych jest uczucie dyskomfortu podczas noszenia – większość pacjentów, w ciągu kilku dni lub tygodni przyzwyczaja się do noszenia soczewek, dla niektórych jednak sam proces zakładania soczewek kontaktowych lub ich zdejmowania jest zbyt stresogenny i nieprzyjemny, by mogli oni na stałe nosić soczewki.
Pomimo iż współczesne soczewki – zwłaszcza soczewki systematycznej wymiany (głównie soczewki jednodniowe) są dla oka bezpieczne i rzadko kiedy wywołać mogą podrażnienia czy infekcje, warto zauważyć, że ryzyko takie jednak istnieje. Jest ono tym niższe im częściej wymieniamy soczewki.
Kolejną wadą jest możliwość zgubienia soczewki. Nosząc okulary trudno jest je zgubić, bądź stracić jedno szkło – w przypadku soczewek sprawa jest znacznie prostsza. Jeśli zgubimy soczewkę jednodniową, problemu wielkiego nie ma, ale jeśli zgubiona zostanie kosztowna, wykonywana na zamówienie soczewka toryczna, pojawia się delikatny problem natury finansowej. Cena soczewek kontaktowych również może być zaliczona do wad tego sposobu korekcji wzroku, mimo bowiem znacznie niższych niż jeszcze kilka lat temu cen, nadal soczewki kontaktowe ceny mają wyższe niż cena okularów korekcyjnych.
Dla wielu pacjentów wady soczewek kontaktowych to również konieczność ich regularnej pielęgnacji. Noszenie soczewek dziennych zakłada konieczność codziennego płukania soczewek i pozostawiania ich w pojemniku zawierającym płyn do soczewek. W efekcie każda nieprzewidziana zmiana noclegu, czy nawet sytuacja w której zapomni się kupić świeży płyn do soczewek jest kłopotliwa. Rozwiązaniem tego problemu mogą być jednak soczewki jednodniowe.
Dla kobiet jedną z wad soczewek kontaktowych jest konieczność szczególnego uważania na makijaż podczas noszenia soczewek. Nie powinno się stosować niektórych kosmetyków (np tuszu wydłużającego rzęsy) a makijaż nakładać trzeba po założeniu soczewek, a zmywać po ich ściągnięciem.